Under en lång period har nyttjandet av mark och vatten negativt påverkat vattendragen inom Kävlingåns avrinningsområde. För att öka andelen åkermark har stora delar av ursprungliga våtmarksområden tagits bort genom dikning och åtskilliga sjöar har påverkats negativt genom sjösänkningar. Stora delar av de mindre bäckarna är lagda i kulvert. Användandet av stora mängder av näringsämnen i jordbruket, utsläpp från industrier och reningsverk, har ytterliggare ökat belastningen på vattendragen.
Under en lång period under 1900-talet var vattendragen kraftigt förorenade. Fiskdöd förekom årligen i Kävlingeån på grund stora utsläpp av föroreningar från industrier som var belägna längs ån. Vattenkvalitén har glädjande under den senaste 40-års perioden förbättrats betydligt, framförallt har utsläpp av syretärande substanser och näringsämnen minskat. Detta har medfört att föroreningskänsliga fiskarter, såsom grönling och öring, har återkoloniserat tidigare belastade områden. Fiskfaunan i vattendragen har därmed gradvis förändrats till en mer ursprunglig sammansättning. Mycket återstår dock med att restaurera och återställa vattenmiljön, såsom att etablera fri vandringsväg för fisk, återskapa våtmarker och strömvattenbiotoper.
